综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域,由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策，集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。2006年12月，国务院正式批准设立“苏州工业园综合保税区”，明确综合保税区享受保税港区的有关税收、外汇政策。综合保税区是在保税区之后出现的又一种特殊监管区域形态，其功能定位延续了保税区的特点，但又与其有不同之处。综合保税区属于“入区退税”的“视同出口”特殊区域，“视同出口”需要满足财税〔2012〕39号文件要求才可以。
一、综合保税区实行“入区退税”，符合条件的境内区外的货物进入综合保税区可以享受“入区退税”政策。
二、在综合保税区内的企业，其从国外购入的材料予以保税，即免征进口税收。其产品可以外销，也可以内销，外销免征出口税收，内销对方应按进口货物缴纳进口税收，其可以从事国内销售业务。其产品作国内销售，对方应按进口缴纳进口税收，其不缴纳增值税，不能开具增值税专用发票。
（为促进综合保税区高水平开放高质量发展，支持综合保税区企业拓展两个市场，国家税务总局、财政部和海关总署决定在综合保税区推广赋予企业增值税一般纳税人资格试点（以下简称“一般纳税人资格试点”），一般纳税人资格试点赋予了综合保税区内企业“双重身份”，既可与境内区外企业拥有同样的增值税政策待遇，同时仍可享受进口货物保税的优惠安排，实现了“双重优势”。）
三、出口企业经海关报关进入特殊区域并销售给特殊区域内单位或境外单位、个人的货物，可以视同出口享受退（免）税政策。但是如果运入特殊区域的货物最终销售给从特殊区域报关进口的区外企业，是不适用出口退税政策的，需要视同内销征税。换句话说，出口企业将货物运送至上述7类特殊区域后，无论是在区内进行销售，还是出口至境外，都可以申请出口退（免）税。
四、综合保税区一日游是其比较独特的一种服务形态。
综合保税区“保税一日游”要追溯到区外的加工贸易。加工贸易在促进我国经济发展上起到了重要作用，这在广东等东南沿海地区尤甚，如被誉为“制造之都”的东莞市，就与加工贸易发展密切相关。在加工贸易深加工结转模式下，上游厂家成品即为下游厂家料件，通过深加工结转延长加工链条，成品最终加工完毕后出口至国外。以珠三角为例，经过几十年的培育发展，企业间配套协作密切，产业链契合度高，加工贸易企业之间货物来往频繁，但因为当时的贸易、税收和监管等政策配套不足及各地监管联动、手续复杂且人工作业效率低下等原因，深加工结转存在诸多不便，于是产生“香港一日游”：加工贸易企业先将加贸成品出口到中国香港，以核销手册、获取退税后，再以加工贸易方式申报进口，货物在保税状态下进入珠三角另外一家厂商进行下一道工序生产，但面临作业周期长、手续复杂、运力浪费等难题。
随着我国综合保税区、保税物流园区、保税物流中心（B型）等在全国落地开花，企业可以轻松利用特殊区域或保税物流中心（B型）开展“保税一日游”以代替“香港一日游”。
综保区“保税一日游”是保税物流组成部分，也被称为即进即出业务、“一日游”、出口复进口等，是行业对国产货物出口至综合保税区等海关特殊监管区域或保税物流中心（B型）后复进口业务模式的称谓：货物出口到特殊区域即视同离境，进行出口收汇、办理退税、核销手册等作业；货物在区内短暂停留，下游企业从综保区进口货物，根据需求灵活进行保税、免税或征税进口等多重选择。同“香港一日游”相比，“保税一日游”不但出口、进口手续简化，节省大量运输费用，还因为作业时间较短，通常一天内（甚至数小时内）即可完成货物出口入区、进口出区通关作业。
综保区“保税一日游”是将货物出口入区、进口出区两个作业密集关联并配合使用，综合叠加利用综保区多项政策，在短短几小时或几天内进行信息流、货物流、资金流密集操作，有报关、货款、外汇等核心节点，开创性地解决因加工贸易深加工结转手续复杂、增值部分不予退税、货物必须按照外商要求先出口再进口等而产生的“国产产品复进口”难题，是作业集成度及价值很高的物流模式。
五、除了以上情况，综合保税区还可以非常轻松完成转口贸易业务。
海关对区内企业开展的管理措施如下：
（一）区内企业及其分支机构应当取得市场主体资格，并依法向海关办理注册或者备案手续。区内从事食品生产的企业应当依法取得国内生产许可。
（二）区内企业应当依照法律法规的规定规范财务管理，并按照海关规定设立海关电子账册，电子账册的备案、变更、核销应当按照海关相关规定执行。
（三）海关对区内企业实行稽查、核查制度。区内企业应当配合海关的稽查、核查，如实提供相关账簿、单证等有关资料及电子数据。
（四）区内企业开展涉及海关事务担保业务的，按照海关事务担保相关规定执行。
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